De milieueisen zijn gebaseerd op die van het keurmerk EU-biologisch. Biologische bedrijven gebruiken heel beperkt bestrijdingsmiddelen, en dan alleen natuurlijke middelen, geen chemische. Ze proberen ziekte, plagen en onkruid te voorkomen met teeltmaatregelen. Kunstmest gebruiken ze niet. De dieren krijgen biologisch voer. Minimaal 70% van het veevoer komt van het eigen bedrijf of anders uit de regio (EU). Daardoor blijft de import van veevoer en eventuele daarmee gepaard gaande tropische ontbossing beperkt. EU-biologisch stelt geen eisen aan beperking van broeikasgasuitstoot, hoewel het verbod op kunstmest wel veel uitstoot voorkomt, omdat er heel veel energie nodig is voor productie van kunstmest. Het aantal dieren per grondoppervlak moet zodanig zijn dat de schade aan de bodem door de dieren en hun mest minimaal is. Het maximale aantal dieren is ook beperkt om een te hoge stikstofuitstoot te voorkomen. 

Ook de dierenwelzijnseisen zijn gebaseerd op die van het keurmerk EU-biologisch. Net als bij biologisch is er aandacht voor het type huisvesting, met voldoende ruimte en middelen voor soorteigen gedrag. Vloeren moeten bedekt zijn met strooisel en mogen niet glad zijn. Het is verplicht dat dieren altijd toegang tot buitenruimte hebben. Er moet buiten ook schaduw en beschutting zijn voor verschillende weersomstandigheden. EKO schrijft dagelijkse weidegang voor melkgevende koeien voor tussen 15 april en 15 oktober, met gemiddeld 8 uur per dag (ongeveer 180 dagen). Bij EKO hebben dieren toegang tot een koeborstel.  
Ziektepreventie moet gebeuren door keuzes in de werkwijze, niet met medicatie (zoals antibiotica). Zieke dieren moeten wel meteen behandeld worden, alle gebruikte medicatie is op voorschrift van een dierenarts en moet worden geregistreerd. Onthoornen mag bij uitzondering, maar alleen onder verdoving en met pijnbestrijding achteraf. Minimaal 60% van het rantsoen is ruwvoer. Lijden, pijn en stress moeten tijdens het hele leven worden vermeden of tot een minimum beperkt, inclusief voor en tijdens de slacht. De transporttijd moet tot een minimum worden beperkt, maar er is geen maximum vastgesteld.   

De producent krijgt extra betaald voor duurzaamheidsinspanningen die het keurmerk vraagt.

Ieder jaar controleert een onafhankelijke (geaccrediteerde) organisatie of de gecertificeerde producenten de eisen van EU-biologisch ook echt naleven. Naleving van de eisen die EKO-NL extra stelt bovenop EU-biologisch, wordt één keer per twee jaar gecontroleerd. Een deel van de controles wordt niet van tevoren aangekondigd. Het keurmerk vertelt dat er gevolgen zijn als er (tijdelijk) niet wordt voldaan aan de eisen en dat legt het in het algemeen uit. De organisatie die de controles uitvoert, bepaalt wat de gevolgen zijn. Het keurmerk heeft een systeem opgezet waarmee het gecertificeerde producten in de hele keten kan volgen. Zo weet je dat het product dat je koopt geproduceerd is volgens de eisen van het keurmerk.